L’annonce intervient près de 20 ans après l’annonce de l’achèvement de la première conception du génome humain le 14 avril 2003. À l’époque, le programme du génome humain était l’aboutissement d’une décennie de travail impliquant des dizaines de scientifiques de six pays et doté d’un budget d’environ 3 milliards de dollars. Elle avait permis de cartographier environ 92 % du génome.
Repères
Le génome d’un individu contient tout son matériel génétique porté par l’ADN présent dans les 23 paires de chromosomes hérités de ses parents biologiques. Il peut être comparé à un livre d’instructions de 23 chapitres qui formule les caractéristiques particulières d’une personne et permet le bon fonctionnement de son corps. Le matériel génétique est présent dans chaque cellule d’un être humain. Ainsi, le noyau de chaque cellule humaine contient entre 20 000 et 25 000 phrases (gènes) et plus de 6 milliards de lettres (ce sont les lettres A, C, G et T). Chaque cellule lit les gènes qui la concernent. Par exemple, une cellule cutanée lit des informations sur la texture de la peau et la quantité de poils, mais ne lit pas les instructions pour les yeux ou le cœur.
Les 8% restants
La séquence annoncée jeudi équivaut aux 8% restants à cartographier. Il complète les travaux annoncés en 2003, mais aussi tous les efforts de recherche qui ont été faits au cours des deux dernières décennies qui ont bénéficié de nouvelles techniques de décryptage, rendant le travail de séquence beaucoup moins laborieux et beaucoup plus précis. Ce pourcentage correspond principalement à des “trous” dans les séquences liés au fait que la technologie de l’époque ne pouvait pas résoudre le puzzle dans des parties plus difficiles des chromosomes impliquant des régions de répétitions de séquences d’ADN, explique Stéphanie Lord-Fontaine, anti. Président des affaires scientifiques de Génome Québec. Grâce aux nouvelles technologies, les chercheurs ont pu rendre le génome proche du centromère, au milieu du chromosome et les télomères à l’extrémité du chromosome, note Stéphanie Lord-Fontaine. Toutes ces découvertes technologiques ont également amélioré la séquence à un niveau beaucoup plus pratique. Le séquençage d’un génome humain complet coûte désormais 1 000 dollars et peut prendre des jours, explique-t-il. Avoir la séquence complète télomère à télomère nous permet de voir les régions qui correspondent à la “matière noire” du génome qui sont restées cachées. Ces sites abritent des variantes complexes de l’ADN qui contiennent des indices sur des maladies que nous recherchons depuis un certain temps, mais pour lesquelles nous n’avons pas encore trouvé de réponses, a déclaré avec enthousiasme le coprésident de T2T, Adam Phillippy, lors d’une conférence de presse. En particulier, la capacité à lire de plus grandes sections de séquences d’ADN a révélé plus de 2 millions de mutations supplémentaires dans le génome humain. “Nous pensions qu’il n’y avait pas d’informations pertinentes dans ces domaines, mais ils sont en fait liés à environ 600 gènes qui seraient médicalement pertinents. » – Un extrait de Stéphanie Lord-Fontaine L’un des chercheurs impliqués dans les travaux renoue avec la comparaison littéraire. Dans le grand manuscrit de la vie, nous avons accès à des chapitres non lus, a déclaré Evan Eichler, médecin à l’Université de Californie à Santa Cruz.
Bientôt, une nouvelle séquence de référence
Le travail effectué à partir du premier projet a créé une séquence de référence du génome humain utilisée par les généticiens du monde entier. Cette norme internationale a conduit, par exemple, à plusieurs découvertes, notamment dans la compréhension des maladies rares. Il a été mis à jour plusieurs fois depuis lors. Nous pouvons maintenant diagnostiquer des milliers de maladies rares causées par des mutations génétiques. Dans le cas du cancer, on se rend compte qu’on peut prédire la réponse au traitement en fonction des mutations présentes dans les tumeurs des patients, précise Stéphanie Lord-Fontaine. “Nous connaissons beaucoup mieux les cancers héréditaires, comme le cancer du sein causé par des mutations du gène BRCA. Nous sommes toujours en mesure de séquencer les tumeurs et de prédire quels médicaments seront actifs contre certaines mutations. » – Un extrait de Stéphanie Lord-Fontaine La médecine personnalisée sera de plus en plus présente dans la pratique clinique au cours des prochaines décennies. Photo: métamorworks
La révolution continue
À la lumière de cette annonce, le génome de référence GRCh38 utilisé depuis 2019 est obsolète et sera remplacé par une nouvelle version basée sur la version intégrée. Plusieurs équipes de recherche ont déjà commencé à utiliser une version préliminaire de la séquence complète du génome humain dans leurs recherches. Cette séquence a déjà conduit à une meilleure compréhension de la biologie du génome et j’attends avec impatience la prochaine décennie de découvertes dans ces domaines récemment découverts, a expliqué le Dr Karen Miga, également coprésidente du consortium T2T. La nouvelle version sera particulièrement précieuse pour l’étude de toutes les variétés génomiques humaines, c’est-à-dire les différences entre les ADN des individus. Il permettra également de poursuivre et d’améliorer les travaux entamés avec les versions précédentes dans le domaine de la médecine personnalisée. Dans un avenir pas trop lointain, le séquençage du génome d’une personne peut fournir un portrait génétique et être utilisé dans les soins cliniques standard. Son médecin pourra ajuster ses interventions médicales en fonction de ses informations. Pouvoir choisir le bon médicament pour le bon patient au bon moment. prédire les risques génétiques de maladie, prédire la réponse à certains médicaments en relation avec le métabolisme des patients. Il existe un large éventail d’applications qui peuvent être envisagées, dit Lord-Fontaine. Mme Lorde se réjouit également de l’inclusion de la médecine personnalisée et de la présence du terme génomique dans le Plan d’implantation des changements nécessaires en santé présenté par Christian Dubé, ministre de la Santé et des Services sociaux du Québec. Le mot génomique apparaît à la page 69. C’est la première ! Ça vient, n’abandonnez pas.
Vers un génome de référence québécois
Génome Québec travaille actuellement à la création d’un génome de référence québécois. Nous avons commencé la séquence d’une cohorte de 2 000 participants dans le cadre du projet CARTaGENE, explique Lord-Fontaine. CARTaGENE est une plateforme de recherche publique constituée à la fois d’échantillons biologiques et de données sur la santé et le mode de vie de 43 000 Québécois âgés de 40 à 69 ans. L’objectif est de créer un génome de référence québécois qui contiendra une liste de variants génétiques qui seront très utiles pour interpréter les différentes mutations qui existent dans la population. Un génome est très complexe. Les cliniciens doivent disposer d’un génome de référence pour une population donnée afin d’avoir une cartographie précise. On peut utiliser cette carte dans le diagnostic des patients, conclut Stéphanie Lord-Fontaine.
